PARMS探索记(上)——建在书房里的DNA分子实验室

时间:2019-07-12 07:00:01 来源:中国IDC圈 当前位置:油叔的视界 > 文化 > 手机阅读

编者按:今天不讲文献,讲故事。讲一个创业者的故事,从他的故事里我们可能会学到一些什么。既然点进来了,不妨花点时间读读。小编近日有幸认识杨博,故事的主人公,交谈之际,发现杨博在分子标记上做了很多很多探索,也有很多心得。

注:PARMS即Penta-primer amplification refractory mutation system (五引物扩增受阻突变体系),可在广泛的基因组DNA 样品中(甚至是一些复杂基因组的DNA 样品),对SNPs 和特定位点上的InDels 进行精准的双等位基因判断。说白了就是一种针对SNP或InDels的标记检测技术。目前,该标记在水稻、玉米、油菜等作物开始大规模使用,而小麦这块,我们正在与他合作,如结果较好,小编愿与大家分享。以下为杨博撰写的PARMS前前后后的一些事情,鉴于篇幅,本期暂推上篇——DNA聚合酶自合成探索:

若不是铁了心决定要研发PARMS,在到处找不到实验室情况下,而被逼的脑洞大开,恐怕到现在我也不会想到原来一个简单的分子标记实验室其实可以以不到万元的硬件成本建在自家书房里。

这事得从3年前说起。14年因待遇低而准备跳槽,后领导给加薪升职留下,但升职后工作主要以行政工作为主,很快就工作变得很不开心,恰逢之前已经“眉来眼去”的投资人仲先生问我能不能做出和KASP一样的SNP分型试剂,自信心膨胀的我,满口答应很容易,几个月就能弄出来,却没曾想过这断断续续,最后做成,竟然到了3年后的2017年。而如果没有在自家书房建实验室的话,恐怕到现在还在空想中。

其实我并不想去模仿KASP,更愿意开发一个比较有创意的SNP检测技术,为此13年14年间已经看过一些文献,注意到一个很有意思的耐热酶,觉得只要在PCR系统里把它加上,这事就成了,而且这可以拿下一个原创度很高的专利,每每想到成功之日的喜悦,连实验还没做过一次的我洋洋得意已不能自已,时不时忍不住和老婆吹嘘此事。

研发需要资金和实验室,而当时自己预计是除实验室外,两万块就能搞定:不就是个PCR扩增一个基因,然后构建载体放到大肠杆菌里,表达纯化后,把它放到PCR里就成了。

若真是这么简单,的确是2万就能搞定。2万元钱不多,问题是实验在哪里做?那时自己还在公司上班,做的是行政工作,不能去实验室偷偷干私活。而且就算还在技术部门,能干私活,一旦成果出来,无法从法律上排除职务行为,岂不是自己补贴公司研发了?

投资人仲先生彼时在考虑自办分子标记检测公司,于是盼着他早日准备好,过去和他一起干。这一等就是一年。年底了,还看不到投资人公司成立的迹象,于是决定找别人。刚好当时偶尔认识了一个小生物公司的年轻老板,当时他也在考虑企业发展的新方向,两轮见面下来,决定干,约好在过年前由对方安排写一个合作协议。

可是等到过年对方协议还没发来,觉得对方似乎回去想想又不想做了。于是断了这个念想。一横心,决心自己出资找母校的师弟在学校做。

方案是自己构建表达菌株,搞了2个月,师弟说是包涵体,他搞不定了。当时连包涵体是啥我不懂。刚好这时查文献发现另一个细菌版本的这个酶表现会更好,于是咬了咬牙,全基因合成。为了保险,又查到武汉刚好有公司能够半定制提供这种酶,50 ug 1800元!

定制的酶比合成质粒先到,等了一年多,自己的理论总算是能实践了。一颗忐忑的心,打开了师弟发来的电泳图,结果让人失望透顶。而这50 ug酶已经用完,想再次实验只能等质粒到位。

质粒最终未能表达出想要的酶,师弟检查发现质粒拼接有问题,需要花时间自己重新拼接。这时,15年也即将过去。

找人做终究不是办法,于是联系了大半年未联系的仲先生,他最终决定直接资助我。

需要找一个实验室。先找了武汉生物研究院,各方面条件都很好,价钱也不贵,但综合自己的情况考虑,还是得有一个自主的实验室才行。于是去找实验室场地,武汉虽大,去哪里能找一个能做实验室的地方?虽仲先生的同学愿意将自己的3D打印工作室的场地和我分享,但看过之后,还是觉得此路不通。


创业者一般是很难去讲究场地的,这是仲先生同学的3D打印创业工作室


最后我瞄上了自家即将入住的新房的书房。当这个念头闪过的时候,连自己都为这疯狂的主意而惊讶。

老婆大人有点犹豫,但耐不住我的雄心勃勃,和一再保证注意安全。相比无所事事的我,她宁愿牺牲自己的空间让我更上进。

可一个常规的DNA实验室,没有几十万根本建立不起来。一个影子都没有的技术,如何让人放心投资几十万?

我试着去万能的某宝试试运气,居然发现了一台武汉在售的二手Bio-Rad PTC100 PCR仪只要2800元,只是热盖有故障;国产全新的最简单的凝胶成像暗箱也是2800,配一个紫外滤镜加700元;国产0.01克电子称300元;5000转的掌上离心机280元;大龙的移液器120元/支……


书房实验室开张时的场景


一个实验室弄下来,不到1万元。在我搬新居的那一天,实验室也同步开张了。回头来看,这是一个极其英明的决定。因为在兼职的情况下,必须在家做实验才能保证工作时间。没有几千个小时的研发工作时间,研发一个技术简直就是痴人说梦。


在武汉循礼门的某个旧小区昏暗的一楼,找到了这台待出售的二手PCR仪。这台机器热盖有故障,总是烧温度保险管,使用一年下来,更换的保险管差不多有三十只了。后又在淘宝以同样的价格买到一台艾本德的梯度PCR仪,不过这台机器有个温度感应器损坏,机器不能正常使用。在专业人员指导下,自己将其修好,无故障运行1年今年5月再坏一个感应器,再次修好。


在准备实验室设备同时,我又花4500元订购一份500 ug的酶。在书房实验室捣鼓了近一个月,当初宏伟的目标最终被无情的事实击溃崩塌。在目前自己的这种认知水平上,此路不通!

于是和仲先生交换意见后,转B计划研发PARMS。此时是2016年2月。

未完待续-以上内容选自分子标记公众号。欢迎大家继续关注下期《PARMS诞生记(中篇)——创业艰难,且行且珍惜》和下下期《PARMS诞生记(下篇)——国产当自强》


杨燕宇简介:

      杨燕宇,男,2011年毕业于湖南农业大学作物遗传育种专业,农学博士。武汉市景肽生物科技有限公司总经理及主要创始人。2011年~2016年就职于中种集团生命科学技术中心,先后负责SSR分子标记平台和种质资源管理部。在分子标记平台工作期间,完成了直接PCR加多重PCR的高通量SSR分子标记检测系统的构建,负责或参与了多个水稻抗稻瘟病、褐飞虱的水稻分子辅助回交育种的DNA分子标记鉴定工作。2016年离开中种公司后全职进行PARMS SNP检测技术研发工作,2017年11月发起成立武汉市景肽生物技术有限公司。

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